Construcția Complexului Hidroenergetic Nistrean (CHN) de către Ucraina a afectat calitatea apei din râul Nistru, habitatul natural al florei și faunei, dar și a redus numărul speciilor de pești. Concluzii în acest sens se regăsesc într-un studiu privind impactul social și de mediu al CHN asupra râului Nistru, comandat de PNUD Moldova și elaborat de o echipă de experți independenți, la inițiativa Ministerului Agriculturii, Dezvoltării Regionale și Mediului, cu sprijinul Suediei. Rezultatele preliminare ale cercetării au fost prezentate la un eveniment de presă, desfășurat în contextul Zilei Nistrului.
Autorii studiului au constat că s-au redus debitele maxime cu aproximativ 30% și a apărut efectul pulsatoriu, cunoscut sub numele de hydropeaking (atunci când nivelul apei din râu crește sau scade în funcție de deversările hidroenergetice).
De asemenea, s-au observat răcirea apei râului în perioada caldă și încălzirea în perioada rece a anului și reducerea nivelului de substanțe nutritive. Deși apa din aval este mai săracă în nutrienți, scad și valorile maxime ale ionului de amoniu (cea mai toxică formă de azotat din apă), ca și conținutul de metale grele. Totodată, se observă vârfuri cu conținut ridicat de oxigen (când descărcarea este în curs), care alternează cu o scădere notabilă a conținutului de oxigen.
În ceea ce privește impactul asupra plantelor acvatice, autorii studiului notează că în ultimele decenii se atestă o supraaglomerare intensivă cu vegetație acvatică mai înaltă a Nistrului Mijlociu de la Naslavcea până la Camenca, precum și a zonei de apă a rezervorului hidrocentralei de la Dubăsari. Creșterea excesivă a plantelor numite macrofite în această secțiune a Nistrului s-a extins de la aproximativ 1% a suprafeței râului, până la 85%.
În același timp, se atestă o reorganizare semnificativă a compoziției taxonomice a zooplanctonului, o scădere a abundenței speciilor reofile (care trăiesc în cursul râurilor) și o creștere a speciilor limnofile (care preferă apele în stagnare), s-a redus diversitatea și populația zooplanctonului. Potrivit experților, acest lucru a dus la dispariția a 19 specii de pești în segmentul mijlociu al râului și a 15 specii de pești în cel inferior.
